W swojej ponadstuletniej historii budynek Copernicanum miał wielu właścicieli i spełniał różne funkcje. Swoją siedzibę miało tu np. gimnazjum realne, miejskie gimnazjum matematyczno-przyrodnicze, technikum kolejowe, a w czasach niemieckiej okupacji nawet szpital wojskowy. Aktualnym właścicielem budynku jest od 2005 Uniwersytet Kazimierza Wielkiego.