Pierwszą siedzibą bydgoskiego Muzeum Okręgowego była nieistniejąca już kamienica przy Starym Rynku. Po objęciu miasta przez władze polskie 20 stycznia 1920 r. podjęto starania w celu otwarcia Muzeum Miejskiego. Dla potrzeb placówki przeznaczono kamienicę w zachodniej pierzei Starego Rynku pod nr 2, sąsiadującą z kościołem pojezuickim.
Otwarcie muzeum nastąpiło 5 sierpnia 1923 r., a jego pierwszym dyrektorem został ks. Jan Klein. Wiosną 1940 r. władze okupacyjne przeprowadziły wyburzanie zachodniej pierzei Starego Rynku, w tym kamienicę mieszczącą muzeum. Zbiory przemieszczono do budynku lombardu przy ul. Pocztowej.